Morro Bay is door de Audubon Society geïdentificeerd als een belangrijk vogelgebied. Gelegen langs de pacific flyway is Morro Bay een belangrijke tussenstop en overwinteringsplaats voor veel trekvogels - tienduizenden kustvogels overwinteren hier. Morro Bay heeft ook een grote reiger rookery, is de thuisbasis van ongeveer 30% van Californië's Western Snowy Plovers1, en Morro Rock blijft een broedplaats voor de bedreigde slechtvalk. Volgens de Audubon Society zijn er vier belangrijke habitats in Morro Bay: de baai, zoutmoeras, bossen en duinen. Elk van deze gebieden heeft zijn eigen aparte fauna, in het bijzonder vogels, die er verblijven en er een bezoek brengen.