La baie de Morro a été identifiée comme une zone importante pour les oiseaux par la société Audubon. Située le long de la voie de migration du Pacifique, la baie de Morro est une escale importante et un lieu d'hivernage pour de nombreuses espèces migratrices - des dizaines de milliers d'oiseaux de rivage y passent l'hiver. La baie de Morro possède également une importante colonie de hérons, abrite environ 30 % des Pluviers des neiges de l'Ouest de la Californie1, et le rocher de Morro continue d'être un lieu de nidification pour le Faucon pèlerin, une espèce menacée. Selon la société Audubon, il existe quatre habitats principaux dans la baie de Morro : la baie, les marais salants, les forêts et les dunes. Chacune de ces zones possède sa propre faune, en particulier des oiseaux, qui y résident et la visitent.